這一類的色素是沈積在牙本質上，不僅顏色深且不易處理，通常需要藉助藥物(過氧化氫類)才能變淡、變白，甚至需加上瓷牙貼片或瓷牙冠才能改善。內因性染色包括：

先天牙齒略黃年齡的增長：當年紀越長，牙齒外層琺瑯質磨損，色素沉積牙齒內層，會讓牙齒顏色變黃。

撞傷或曾做過根管治療的牙齒：因為血液中的血紅素或根管治療藥物沈積在牙齒內部，使牙齒呈現較暗的顏色，甚至偏黑褐色。

四環徽素類的藥物：若十二歲前的兒童服用這類藥物，藥物會沉積在形成中的牙胚上，造成恆牙變色；牙齒呈現黃褐到灰棕色，或表面併有顏色不均勻的色帶形成；服藥時間越長，顏色越深、色帶越明顯。

以下的食物和飲料為最常見主因：黑咖啡、特別是紅茶和綠茶、番茄醬，醬油等調味料酸性、蘇打、運動飲料與紅酒。而紅葡萄酒和黑咖啡含有深色素分子，高度酸性的飲料可以去除你的牙釉質，使之更容易被染色分子附著。純鹼是一種酸性飲料，可以侵蝕你的牙釉質，導致色斑殘留。

除了吃喝以外，以下為其他主要來源：抽煙、老化與某些藥物等。你可能會說，美白牙齒的最佳方法就是避免那些可能會染色牙齒的東西。但我們都知道並不是那麼簡單。

通過食用可以防止牙齒染色的食物，如奶酪、生菜、芹菜、胡蘿蔔、蘋果和花椰菜，最大限度地減少某些食物的染色效果。這些要麼通過摩擦幫助清潔牙齒，要麼中和酸性，減少損害牙釉質。

無論你多麼努力地保持白皙的微笑，你可能還會有一段時間考慮美白。